○○○회사(거래소)가 2011년부터 2014년까지 외부업체에 맡긴 새로운 매매체결 시스템 개발비 137억원에 대해 연구개발비 세액공제를 신청했습니다.
회사는 "이 시스템은 혁신적인 기술 개발이니까 전액 공제받을 수 있다"고 주장했지만, 세무서는 "2013년부터는 법이 바뀌어서 외부업체 전담부서가 직접 수행한 부분만 가능하다"며 거부했어요. 법령 개정 시점이 핵심 쟁점이 된 사건입니다.
법학이야기
외부업체에 맡긴 시스템 개발비도 연구개발비 세액공제받을 수 있을까?조세특례제한법 개정규정 적용시기 명확화한 판례
대법원 세무 판례 분석
외부업체에 맡긴 시스템 개발비도 연구개발비 세액공제받을 수 있을까?
대법원 "2013년부터 전담부서가 직접 수행한 부분만 가능" - 조세특례제한법 개정규정 적용시기 명확화
목차
4년간 이어진 혁신적 시스템 개발 과정
연구개발비 세액공제란?
기업이 연구개발에 투자한 비용의 일정 비율을 세금에서 공제해주는 제도입니다. 혁신을 장려하기 위한 정부의 대표적인 세제지원책이에요.
2011년 - 새로운 매매체결 시스템 개발 시작
거래소가 외부 IT업체들에게 혁신적인 매매체결 시스템 개발을 위탁. 기존 시스템의 한계 극복이 목표
2011-2012년 - 알고리즘 전면 재설계
범용 도구를 넘어선 독자적 기술 개발. 기존 시스템 개선이 아닌 완전히 새로운 접근방식 적용
2013년 2월 15일 - 중요한 법령 개정
조세특례제한법 시행령 개정으로 "전담부서가 직접 수행한 부분에 한정" 조건 추가
2013-2014년 - 개발 완료 및 특허 등록
시스템 개발 완료, 다수 특허 공동 등록으로 기술적 성과 입증
2017년 - 세액공제 경정청구
137억원 개발비 전액에 대한 연구개발비 세액공제 신청 및 세무서 거부
연구개발비 세액공제의 복잡한 요건 체계
조세특례제한법 제10조 제1항
내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우 일정 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.
과학기술활동의 판단 기준
과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이어야 합니다. 단순한 시스템 구축이 아닌 새로운 기술 개발이 핵심이에요.
2013년 개정 전 시행령 규정
국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등에 위탁한 비용은 연구개발비로 인정
2013년 개정 후 시행령 규정
국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등 (전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다)로 제한 강화
핵심 변화
"직접 수행한 부분에 한정"이라는 조건이 추가되어 외부 위탁 시 요건이 대폭 강화되었어요.
대법원의 핵심 판단
"2013년 개정규정은 2013. 1. 1.부터 적용되므로, 2013-2014년 분은 전담부서의 직접 수행 여부를 심리해야 한다"
2013년 개정규정의 적용시기가 결정적 쟁점
1. 과학기술활동 해당성은 인정
대법원은 알고리즘 전면 재설계, 독자적 소프트웨어 개발, 다수 특허 등록 등을 근거로 이 시스템 개발이 과학기술활동에 해당한다고 봤어요.
2. 위탁비용 vs 구매비용 구분
개발 위험을 회사가 부담하고 결과의 불확실성이 존재하므로 단순 구매가 아닌 연구개발 위탁으로 인정했습니다.
3. 개정규정 적용시기의 명확화
2013. 2. 15. 개정된 규정이 2013. 1. 1.부터 적용된다고 판단. 부칙 규정과 법적 안정성을 종합 고려했어요.
4. 원심의 심리 누락 지적
2013-2014년분은 전담부서 직접 수행 여부를 심리해야 하는데 원심이 이를 간과했다며 파기환송했습니다.
개정 전후 연구개발비 세액공제 요건 비교
2011-2012년 (개정 전)
- 적용 규정: 개정 전 시행령
- 위탁 요건: 전담부서 등에 위탁하면 OK
- 공제 범위: 위탁비용 전액 공제 가능
- 증명 책임: 상대적으로 단순
- 이 사건 결과: 원칙적으로 공제 인정
2013-2014년 (개정 후)
- 적용 규정: 개정 후 시행령
- 위탁 요건: 전담부서가 "직접 수행" 필요
- 공제 범위: 직접 수행 부분만 제한적 공제
- 증명 책임: 직접 수행 입증 필요
- 이 사건 결과: 추가 심리 필요 (파기환송)
기업의 R&D 세무전략에 미치는 실무 영향
법령 개정 시점의 중요성
2013년을 기점으로 요건이 대폭 강화되었으므로, 개발 시기에 따른 전략적 접근이 필요합니다.
외부 위탁 시 주의사항
2013년 이후로는 수탁업체의 전담부서가 직접 수행했다는 객관적 증빙을 반드시 확보해야 해요.
과학기술활동 입증 전략
특허 등록, 독자적 기술 개발, 알고리즘 혁신 등 기술적 진전을 객관적으로 입증할 수 있는 자료가 중요합니다.
위탁계약서 작성 요령
단순 도급이 아닌 연구개발 위탁임을 명확히 하고, 실패 위험과 불확실성을 회사가 부담한다는 내용을 포함해야 해요.
향후 유사 사건에 대한 시사점
개정규정 소급적용 기준 확립
부칙 규정 해석과 법적 안정성을 종합 고려하여 개정 영향이 미치는 시점을 명확히 했어요.
외부 위탁 R&D의 엄격한 관리
2013년 이후 외부 위탁 연구개발은 실질적 수행 주체와 과정을 세밀하게 관리하고 입증해야 합니다.
IT업계 특화된 전략 필요
소프트웨어 개발의 경우 기술적 혁신성과 독창성을 객관적으로 입증할 수 있는 특별한 전략이 필요해졌어요.
이 판결이 의미하는 것
외부 위탁 연구개발비도 요건만 갖추면 세액공제가 가능하지만, 2013년부터는 요건이 까다로워졌다. 특히 수탁업체의 전담부서가 직접 수행했다는 객관적 증빙이 핵심입니다. 이번 판결로 법령 개정 시점의 적용 기준이 명확해졌고, 기업들은 연구개발 위탁 시 더욱 체계적인 관리와 입증 전략이 필요하게 되었어요. 혁신적인 기술 개발이라면 충분히 세액공제를 받을 수 있지만, 2013년 이후로는 "누가, 어떻게, 직접" 수행했는지가 관건입니다.